Trabajos automatizados

Usando un editor de texto es posible crear un archivo, conocido como script, con instrucciones para ejecutar un cálculo de forma automática. Un script es un archivo de texto plano con una secuencia de instrucciones que los ejecuta de una manera ordenada.

Se compone de un encabezado y un cuerpo.

Primero usamos un editor de texto para crear el archivo:

[help.user@magnus ~]$ vi script_name.sh 

En el encabezado primero se determina en qué lenguaje se quiere interprete el script:

#!/bin/bash 

Después se estipula los recursos que se piensa utilizar. Si no se especifica el valor, se tomarán valores por defecto. Para cada línea es necesario empezar con #SBATCH:

#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=TestJOB #Nombre del job
#SBATCH -p short
#SBATCH -N 1
#SBATCH -n 1
#SBATCH --cpus-per-task=1
#SBATCH --mem=2000
#SBATCH --time=00:10:00
#SBATCH --mail-user=USER@uniandes.edu.co
#SBATCH --mail-type=ALL
#SBATCH -o TEST_job.o%j

En el cuerpo del script se escriben los comandos que se quiere ejecutar. El script ejecutará estas instrucciones en el orden en que se encuentren.

NOTA: disponemos del siguiente script de ejemplo en: /hpcfs/shared/README/testcpu.sh, el cual puedes copiar en tu carpeta home y editarlo para que realice lo que necesitas.

Si se deseas utilizar los programas disponibles en el clúster, es necesario utilizar la herramienta de módulos para cargarlos y utilizarlos.